Publikace

Obrazová analýza se v biologii stává stále používanější metodou při hodnocení rozmanitosti odrůd. Obrazová data se zpracovávají pro kvantitativní hodnocení objektů. Získané údaje slouží např. k identifikaci odrůd, nejčastěji je používána morfologie semen, květů a listů. Software NIS Elements AR 2.30 (Laboratory Imaging Prague) byl použit pro vyhodnocování digitálních snímků lnu setého. Před každým měřením je digitálně sejmutý obraz převeden na binární obraz představující dvě roviny (objekt a pozadí) získané prahováním a úpravou binárního obrazu pomocí programového editoru a nakonec provedeno měření parametru – plocha. Automatické vyhodnocení snímků je objektivní a časově efektivní metoda,při níž nedochází ke znehodnocení vzorku a její velkou výhodou je opakovatelnost a spolehlivost měření.

The original restorer line BO20 contained 31µmol/g GSL in seeds, but by crossing this line with various low GSL CMS lines, followed by repeated selection of fertile segregants, we were able to obtain fertile lines with a mean GSL content in seeds of 11.8 µmol/g. This result confirmed that the gene(s) controlling the GSL content are not closely linked to the fertility restorer gene. The results confirm, that the SCAR marker SG34 is closely associated with the fertility restoring allele, and facilitates so the selection of fertile segregants; however, the marker is unable to distinguish between the homozygous RfRf and the heterozygous Rfrf genotypes.

V kapitole metodické příručky je podrobně popsána ochrana kmínu proti plevelům. Obsahuje seznam plevelů vyskytující se v této plodině a seznam doporučených herbicidů.

Vavilovia formosa (Steven) Fed., a small, patch-forming perennial found in upper-alpine screes of the Caucasus, eastern Turkey, northern parts of Iraq, Iran, Syria and Lebanon. Unlike Pisum, the leaflets of Vavilovia unroll rather than unfolding (supervolute rather than conduplicate vernation), and it is a perennial, rhizomatous plant. In these respects and in its ecology, Vavilovia markedly differs from wild and cultivated Pisum and resembles Lathyrus. Species relationships were determined for 31 species of tribe Fabeae using sequences for four regions known to be informative for the group ; the maturase K, trnL-F and trnS-G spacer regions of chloroplast DNA, and the internal transcribed spacer (ITS) region of nuclear DNA. Maximum parsimony and Bayesian analysis of combined sequence data confirmed Vavilovia as a separate group positioned between Lathyrus and Pisum.

Metodika popisuje in vitro regeneraci dihaploidních rostlin lnu metodou prašníkové kultury. Celý postup je rozdělen na jednotlivé kroky, které jsou podrobně vysvětleny. Součástí metodiky jsou receptury všech potřebných kultivačních médií. Metodika slouží šlechtitelům k rychlé stabilizaci šlechtitelského materiálu lnu při tvorbě nových odrůd a tím k zefektivnění šlechtitelské práce.

Jsou presentovány současné možnosti genetiky a genomiky luskovin na příkladu hrachu setého. Je presentována situace luskovin v evropském a celosvětovém měřítku.

Kmín kořenný je rostlinou, která má velmi malou konkurenční schopnost proti většině plevelných druhů. Z tohoto důvodu je proto velmi důležité, především z hlediska dvouletého pěstování kmínu, počítat se správně zvolenou a vhodně načasovanou herbicidní ochranou. V průběhu řešení problematiky herbicidní ochrany kmínu kořenného byly založeny polní pokusy v čisté kultuře. Herbicidní preemergentní ošetření porostů kmínu bylo prováděno na odrůdě se standardní délkou vegetační doby - Kepron. Cílem pokusů bylo zjistit rozdíly ve výnosu nažek a obsahu silice u použitých preemergentně aplikovaných herbicidů. Mimo jiné bylo také cílem posoudit rozdíly mezi selektivním působením různých typů herbicidů na rostliny kmínu kořenného, včetně rozdílných dávek. Na základě získaných výsledků můžeme konstatovat, že do pokusu zařazené herbicidy vykazovaly dostatečnou selektivitu vůči rostlinám kmínu kořenného.

Byly porovnány biologické reakce dvou odrůd lnu na kadmium. Po vytvoření suspenze bylo přidáno kadmium v koncentraci 10, 50 a 100µM a byly odebírány vzorky v časových intervalech 3,12,24 a 48 hodin. Změny v hladině fytovhelatinů průkazně rostly v závislosti na rostoucí koncentraci kadmia. Koncentrace 50 µM se ukázala jako mezní, vyšší koncentrace 100 µM je pro buňky letální.

Byla získána data o šíření mikrosatelitních repetic v genomu rostlin čeledi Fabaceae pomocí transpozice nového Ty1-copia MARTIAN 8.5 kb long retrotransposonu. Tento byl isolován a popsaná z genomu hrachu setého, na základě analýzy 45 SSR sekvencí nesoucích TC repetici. Byla zjištěna vysoká evoluční konzerovanost především koncové LTR oblasti v rámci čeledi Fabaceae.

Byla hodnocena část národní kolekce lnu, analyzován pasportní deskriptor ACCENAME, detekováno 12 domnělých duplikací, 1 triplikace a 1 kvadruplikace a ty byly dále studovány z hlediska květní morfologie pomocí digitální obrazové analýzy (DOA). Byly zjištěny parametry DOA Area, MaxFeret a Circularity a na základě jejich hodnocení statisticky významné rozdíly mezi jednotlivými genotypy.

Presentovány jsou specifická data z oblasti transkriptomiky, genomiky, proteomiky modelových luskovin v konfrontaci s plodinami jako je hrách, bob a jiné luskoviny.

Byl prezentován vývoj a optimalizace metody pro stanovení fytoestrogenů v semeni lnu (Linum usitatissimum L.).

Pro zvýšení procenta transformovaných pletiv na explantátech po kokultivaci s Agrobacteriem byl sledován vliv odstranění epidermis z hypokotylu, vliv různé doby kokultivace a různých koncentrací acetosyringonu. Efektivita transformace byla porovnávána na základě GUS zabarvení explantátů po 3 týdnech od kokultivace pomocí obrazové analýzy. Na základě statistického hodnocení výsledků obrazové analýzy byla vyhodnocena jako neefektivnější koncentrace 100mg/l acetosyringonu a doba trvání kokultivace 10 minut. Odstranění epidermis zvýšilo procento transformovaných pletiv o 11,75 %.

V příspěvku jsou konfrontovány data získaná ze znalosti genomu modelových rostlin se současnými možnostmi jejich využití pro šlechtění plodin, s důrazem na luskoviny. Od genových sbírek jako zdroje cenných vlastností, DNA markery až po GMO technologie.

Práce se zabývala studium a dohadem spolehlivosti jednotlivých metod na souboru 25 v CR doporučených odrůd hrachu. Tyto byly popsány jednak pomocí 12 morfologických deskriptorů, tak i 2 isozamových, 10 mikrosatelitních a 2 retrotransposonových systémů. Bylo zjištěno, že především techniky založené na analýze DNA umožňují vysokou spolehlivost a přesnost, navíc pak rychlost a nezávislost na vlivu prostředí. Jako nejspolehlivější metoda z hlediska jednoduchosti provedení byla retrotransposonová v lokus specifickém formátu RBIP, následovaná analýzou mikrosatelitních lokusů. Retrotransposonová vícelokusová IRAP metoda, společně s analýzou isozymů pak umožňila vyhodnocení s menším rozlišením, ale v jediné analýze. Bylo provedeno statistické vyhodnocení a porovnání všech metod.

164 položek hrachu, představujících české a slovenské šlechtění během posledních 50 let bylo analyzováno pomocí mikrosatelitních, retrotranspsonových a klasických morfoligickým markerů. Celkem bylo použito 10 SSR a 31 RBIP lokusů, společně s 15 kvalitativními a 18 kvantitativními morfologickými znaky. Bylo provedeno vyhdonocení pomocí Wardovy metody s odhadem 9 shluků na základě molekulárních dat a 5 až 7 shluky na základě morfologických znaků. Dále byly spočteny hodnoty PCA a MDS. Pro možnost integrace obou typů dat byla využita Bayesiánká metoda analýzy, na jejímž základě bylo vybrano 34 položek do core kolekce, plně representujících genetickou diverzitu původní kolekce. Porovnání genetické diverzity všech sledovaných znaků výchozí a core kolekcí, potvrdilo vhodnost této metody.

Traduje se, že plané či kulturní druhy trav sehrávají důležitou úlohu při výskytu a šíření námelovitosti trav na žitě a žitovci. Proto byla provedena ve skleníku inokulace 15 trav a kontrolního souboru odrůd žita a žitovce konidiovou infekcí námelovitosti ze žita.

Byla hodnocena reakce vybraných odrůd hrachu na soubor isolátů Fusarium solani.